W Cubic Ninja będziecie grać jako waleczny ninja, nazywany CC. Księżniczka z waszego uwielbianego królestwa i kilku innych przyjaciół, zostaną porwani. To właśnie od was będzie zależała misja ich uratowania. Będziecie musieli się przedostać przez poznad 100 poziomów- labiryntów, by pokonać przeciwników, t.j. Woofbota, Schorchbota i innych! Dodatkowo, wasi nieprzyjaciele będą używać przeciwko wam sił żywiołów: wiatru albo wody, które spowodują, że się zatrzymacie.
Na poszczególnych level-ach będziecie odnajdywać rolki, które umożliwią wam zyskać 4 rodzaje zdolności, abyście mogli sprawniej pokonywać poziomy gry. Pomniejszenie się pozwoli wam na uniknięcie pułapek, Switch push umożliwi klikanie na przyciski z odległości. Ninja gwiazda jest ofensywną bronią, natomiast tarcza będzie was ochraniać. Jeśli będziecie mieć problem, aby przejść dany poziom, możecie skorzystać z pomocy, która przygotuje wam zdolności już od samego początku gry. Oprócz opowieści, gra proponuje również Time Attack, Surfoval i Level Creator.
Cubic Ninja na Nintendo 3DS jest grą, która umożliwi wam granie bez dotykania przycisków. Wystarczy przechylić Nintendo 3DS i przygotować sie na rozwiązywanie skomplikowanych zagadek!