W Bravely Second zły Kaiser Oblivion uprowadza Agnès Oblige, bohaterkę Bravely Default, w związku z czym jej ochroniarz Yew Geneolgia przysięga sobie, że uratuje ją z należącej do Kaisera niezdobytej fortecy zwanej Skyhold, która unosi się wysoko nad Eternią. Aby przetrwać w budzących starch lochach i pokonać przerażających wrogów, Yew podczas swojej przygody będzie musiał połączyć siły z Magnolią Arch oraz wieloma innymi nowymi postaciami, a także z kilkoma powracającymi bohaterami, wśród których znajdą się Edea Lee i Tiz Arrior.
Powraca innowacyjny system taktycznych bitew Brave and Default znany z Bravely Default, tym razem wymagając jeszcze bardziej zaawansowanego myślenia strategicznego. Tak jak poprzednio, gracze muszą liczyć się z tym, że im większe ryzyko, tym większa potencjalna nagroda: ich postaci w jednej turze mogą wykonać kilka ruchów, ale za to w kolejnych turach nic nie zrobią. W Bravely Second umiejętności i wytrzymałość graczy zostanie wystawiona na ostateczną próbę: po wygraniu bitwy w jednej turze dzielni wojownicy będą mogli od razu przejść do kolejnej trudniejszej potyczki, co umożliwi im zdobywanie większych nagród. Dzięki wygrywaniu takich walk będą mogli szybko zwiększyć poziom postaci i ich profesji, ale porażka doprowadzi do utraty wszystkiego, co zostało zdobyte podczas serii bitew, dlatego cechą dobrego wojownika jest też umiejętność wycofania się w odpowiednim momencie.
Aby poradzić sobie z tym nowym wyzwaniem i pokonać przerażająco silnych wrogów, gracze będą musieli dobrze wykorzystać 30 dostępnych klas postaci znanych jako profesje (jobs), aby wyposażyć swoich bohaterów w umiejętności niezbędne do przetrwania. Nowe umiejętności i zdolności wojownicy uzyskają dzięki wygranym bitwom. Umożliwią one walkę na zupełnie nowe sposoby, np. Patissier osłabi przeciwników pysznymi deserami, a Catmancer wykorzysta dogłębne zrozumienie kociaków w celu zwiększania zdolności zespołu i odnajdywania użytecznych przedmiotów.
