Pewnego dnia, podczas podróży w góry wznoszące się ponad Zaginioną Dolinę (Lost Valley), natrafiasz na nagłą burzę śnieżną, a drogę do schronienia wskazuje Ci ledwo słyszalny głos. Po burzy znajdujesz pod śniegiem małego Duszka Zbiorów (Harvest Sprite), który opowiada o tym, jak z doliny zniknęły wszystkie pory roku poza zimą. Aby przywrócić wszystko do normy, będziesz musiał zająć się uprawą ziemi i prowadzeniem gospodarstwa. Pomogą Ci w tym okoliczni mieszkańcy, Duszki Zbiorów, a nawet sama Bogini Zbiorów (Harvest Goddess).
W Harvest Moon: The Lost Valley możesz stworzyć farmę, jaką sobie wymarzysz, formując i kształtując ziemię w środowisku 3D. Wkop się głęboko w glebę, aby powstała pod nią jaskinia albo zbierz ziemię w jednym miejscu, aby wznieść górę. Możesz też tworzyć stawy rybne i pola uprawne, a także budować drogi i mosty, co pozwoli Ci docierać w nowe miejsca. Dzięki temu, że możliwe opcje sterowania są dostosowywane do sytuacji, kształtowanie swojego własnego świata nigdy nie było aż tak proste. Wystarczy zbliżyć się do obiektu lub obszaru i wybrać dostępną akcję, na przykład sianie, zbieranie kwiatów czy łowienie ryb.
Podczas swojej przygody na farmie będziesz mógł zająć się różnorakimi zwierzakami. Hodując krowy uzyskasz mleko, golenie owiec da Ci wełnę, a kury zniosą dla Ciebie jajka. Opiekuj się zwierzętami codziennie, głaszcząc je i szczotkując im sierść, zapewnij im wygodę i karm regularnie, aby były szczęśliwe, dzięki czemu dostarczą Ci produkty wyższej jakości.
Zajmowanie się farmą to nie Twoje jedyne zajęcie – poza tym będziesz spotykał się z mieszkańcami pobliskiego miasta, którzy będą przedstawiać Ci misje do wykonania oraz oferować użyteczne przedmioty do kupienia. Natrafisz na wiele słodkich postaci, a jedną z nich być może będziesz nawet po pewnym czasie określać mianem męża lub żony.
